学校办学定位准确，培养目标清晰。按照国家经济和社会发展的战略要求，结合自身发展形势和资源优势，办学目标定位为：立足浙江，面向全国，依托医药行业，服务医药行业，坚持学历教育与非学历教育并重，学历证书与职业资格证书并举，深化改革，提高质量，把学校办成行业特色鲜明、在全国有一定影响的医药类高职高专学校。培养目标定位为：坚持围绕行业特色，主动适应医药经济发展对人才的需求，面向医药行业生产、建设、管理、服务第一线培养高等技术应用性人才。
浙江医药高等专科学校是一所医药类全日制公立大学，隶属浙江省食品药品监督管理局，教育业务管理隶属浙江省教育厅。学校前身是1984年经省政府批准建立的浙江省医药学校，1999年12月筹建浙江医药职业技术学院，2002年2月经国家教育部批准正式建立浙江医药高等专科学校。学校占地233亩，总建筑面积10.47万平方米，全日制在校学生7000多人。浙江医药高等专科学校招生范围以浙江为主，省外有海南、福建、安徽、江西、湖南、河南、河北、山东、天津八省一市。
浙江医药高等专科学校拥有设备先进的实验室、现代化的图书信息中心以及标准田径场、体育馆和各项体育运动设施。实验教学面积15000平方及实训教学面积2800平方。目前实验室已建立中药前处理、制水、液体制剂和符合GMP标准的固体制剂全真生产线等多个实训车间。图书馆拥有期刊阅览室、电子文献阅览区、多媒体报告厅等多个功能区域，学校图书馆与大学园区图书馆实现了资源共享，优势互补。
医药教育为学生编织创新创业梦想。一直以来，学校秉承“厚德厚朴、励志远志”的校训，以生命健康产业需求为引领，全面构建“以药学类专业群为主，食品、医疗器械等专业群协同发展”的办学新格局。学校不断提升社会服务能力，2015年启动了市场监管系统干部专业素质提升工程，此举在全国食品药品监管系统尚属首创。学校坚持依托行业，立足地方，创新创业，以质量求生存，以特色求发展，不断提升人才培养质量和办学水平，升格以来，已培养面向医药、食品、医疗器械等行业的高端技能型专门人才3万余名，累计为社会培训近10万余人次，为浙江由医药大省向医药强省的迈进发挥了重要作用。
校师资力量较雄厚，专业特色鲜明。学校现有专任教师206人，高级职称教师所占比例为35%，双师型教师54人。其余老师都是从中专直接升为大专时，中专老师转任。有多年的教育实践，上课是基本用普通话讲课。
学校下设药学系、经营管理系、生物与食品系、中药系、医疗器械与制药设备系等五个专业系部和医疗器械研究所。开设药学(药房方向)、药物制剂技术、药品质量检测技术、化学制药技术、经济信息管理(医药方向)、食品药品监督管理(医药方向)、国际贸易实务(医药方向)、医药营销、生物制药技术、食品检测及管理、食品加工技术、中药、中药制药技术、市场开发与营销(医疗器械维护与经营方向)、医疗器械制造与维护、化工设备维修技术(制药设备方向)等专业，其中药物制剂技术为省重点专业。学校同时还担负着浙江省执业药师、执业中药师培训、医药职业技能鉴定、药学大专自考主考、医药行业职业继续教育的重要任务。
