学校创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。学校是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，是教育部批准的首批来华留学示范基地。学校2015年成为重庆市人民政府、国家卫生健康委员会（原国家卫生计生委）和教育部共建高校，2016年成为“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）首批立项的地方高校之一。
学校由位于渝中区的袁家岗校区和位于重庆大学城的缙云校区组成，校园总面积2650亩。其中，缙云校区占地2100亩，校园环境优美，风景如画。
现有全日制在校学生25760人，其中研究生5740人，本科生1招生10人，留学生710人。学校具有招收博士后研究人员，港澳台学生和外国留学生资格。
学校现有7个一级学科博士学位授权点、12个一级学科硕士学位授权点，3个博士专业学位授权点、11个硕士专业学位授权点；4个国家重点学科，4个进入ESI全球前1%的学科（2020年3月，科睿唯安发布），4个重庆市一流学科，12个重庆市“十三五”市级重点学科。在教育部学位中心第四轮学科评估中，临床医学等学科排名全国前列。
学校设有21个学院（系），并设立研究生院。开设34个本科专业。有12个重庆市“三特行动计划”特色专业，6个重庆市“三特行动计划”特色学科专业群。临床医学专业已通过临床医学国际专业认证，口腔医学、护理学专业已通过教育部专业认证。现拥有4个国家级实验教学示范中心，4门国家级精品资源共享课、3门国家级精品视频公开课。
学校现有“973”首席科学家2人、 国家“千人计划”专家7人、“长江学者”6人、国家“百千万人才工程”人选9人，以及国务院“政府特殊津贴”获得者、“卫生部突出贡献中青年专家”、“国家杰出青年科学基金”获得者、“国家优秀青年科学基金”获得者、教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选、重庆市“两江学者”、“首席专家工作室领衔专家”、学术技术带头人等高层次人才逾百人。教师总数2220人，其中高级专业技术人员1340人。博士生导师239人。现有5个博士后科研流动站。
